萧友梅在音乐教育上主张向西方学习，讲求学习与创新，积极提倡创作新歌新曲，通过音乐教育把中国建成一个文明优雅的国家，“使音乐教育成为中国社会改造的积极力量”。他提出了“一方面改良学校的音乐功课，一方面检定音乐师资，鼓励创作发扬振奋精神的新歌新曲，注意音乐专门教育”，把重视学校音乐教育、重视师资队伍建设、重视音乐创作和重视音乐专业教育当做中国现代音乐教育发展与建设的核心工作。
当时普通学校音乐教育刚刚起步，音乐教育的学科范围这一问题虽然早在民国初期就被音乐教育家们意识到了，但他们均忙于为争取稳定的音乐教育地位高声呐喊，仅把重点放在教育立法与制度建设上，于是这一问题被暂时搁置了。在教育部第三次全国教育会议的提案《改革现行中学音乐课程案》中，萧友梅从知识体系角度对普通学校音乐教育学科范围不明确作了批评。他认为，现行音乐课程内容过于复杂，“涉及看谱、练声、独唱、分部合唱、器乐、乐理、和声、曲体学、音乐史、音乐美学等等，几等于音乐专科之全部课程”，并认为，如果不明确学科范围，“以如此有限之时间，教学上述浩繁之课程，事实上绝对不能办到”。经过数年的努力，普通音乐教育学科范围被基本确定，音乐教学也基本上局限于音乐基本知识、音乐基本技能与音乐欣赏这三部分内容。
20世纪30年代，萧友梅提出的一系列思想，都紧紧抓住了当时普通学校音乐教育体系的主要特征，充分体现了当时中国社会现状对学校音乐教育提出的要求，曾在抗日战争时期的音乐教育界产生很大影响。比如，他注意从美育理想看普通学校音乐教育的功能。音乐教育是什么，始终是当时音乐教育研究的中心问题。萧友梅根据自己的实践与认识，指出：“根据美育原则，利用音乐之感化力量，以美化学校生活，陶冶学生德行，并规定以此为音乐功课之第一目标，而以学习音乐技能为第二目标，以利用歌唱激励抗战热情为附带目标。”此论点一出即成为当时最为著名的音乐教育经典论断，今天看来仍然闪耀着真知灼见，蕴含着音乐教育的艺术规律。
萧友梅在上海音专的教学也不遗余力，对音专的发展真可谓倾其所能，利用一切资源招纳英才。由于萧友梅的努力，国立音专在短短的几年间聚集了一批高水平的音乐师资和其他各科教师，形成了在当时中国甚至整个远东地区来说最强的专业音乐教学力量。1929年10月，黄自从美国学成归国，萧友梅即邀黄自来音专兼课，翌年聘黄自为音专理论作曲组专任教员（相当于教授），并担任教务主任。黄自成为了萧友梅最为得力的办学合作者，把音专的整体教学水平，提升到了一个更高的层次。当时在上海的外籍音乐家，以及来沪演出逗留的外籍音乐家，只要是音专教学所需而又具有真才实学的，也由萧友梅千方百计地聘来任教。1929年，原俄罗斯圣彼得堡音乐院钢琴教授查哈洛夫与他的夫人举办环游世界的音乐会，到了上海之后，萧友梅得知这一消息，立即上门联系。可是查哈洛夫却推说中国学生根基薄弱，不愿就任。萧友梅“三顾茅庐”式地再三诚恳求聘，并允诺以高于他校长的薪金，聘其为音专钢琴组主任。
萧友梅不单关注学校教学大局，对学生也十分关心，事无巨细，鞠躬尽瘁。我国著名男高音歌唱家娄乾贵曾在一次电视采访中说：当年他毕业演唱可以演唱到High C,坐在下面的萧友梅先生为之落泪，因为经过师生共同努力与奋斗，中国的专业音乐教育终于培养出了自己的男高音歌唱家。由此小事，可以看到萧友梅对自己的学生是多么关注与了解。
